依巴斯汀常用剂型为片剂，长期服用危害较大，可能出现肝肾功能异常、胃肠道反应等，建议患者在医生指导下按剂量、按疗程服药，通常不建议长期用药。
1、肝肾功能异常：服用依巴斯汀后，大部分药物被肝脏代谢、经肾脏排泄，长期服用会对肝脏、肾脏产生损伤，可发现谷丙转氨酶等数值升高，用药期间需定期到医院检查肝肾功能，以便于医生根据个体情况调整治疗方案。
2、胃肠道反应：依巴斯汀会对胃肠道产生一定刺激，出现恶心、呕吐、口干、胃部不适感等不适，长期服用则胃肠道不适症状更为明显，可在医生指导下调整服药时间，可减少药物的刺激，避免胃肠黏膜持续受刺激而加重不适。
3、其他：长期服用依巴斯汀还可能出现心动过速、困倦、头痛、头晕等不适症状，还有可能对血液系统造成影响，比如部分患者会出现鼻出血等血小板下降的症状，就医进行血常规检查时还可能会出现嗜酸性粒细胞增多。
长期服用依巴斯汀人群，需严格遵循医生建议用药，老年人应用时需酌情减少药量，有肝功能障碍人群需谨慎使用，以免加重病情。