来姨妈即来月经，来月经的女性若符合连花清瘟颗粒的用药指征，此种情况下通常能配合医生吃连花清瘟颗粒，并不会干扰月经，相反有助于调治疾病。
连花清瘟颗粒包含连翘、炙麻黄、鱼腥草、大黄、红景天等物质，常能起到散热，以及清润肺脏、祛毒等作用，能减轻流行性感冒属热毒袭肺证，该类患者常会伴有怕冷、肌肉酸疼、咳嗽、头疼、流清涕、苔黄等现象。
暂未有专业研究显示连花清瘟颗粒常会干扰经期、造成经期紊乱，或使得经量变多、变少，并且来月经也不属于连花清瘟颗粒的用药禁忌。因此，来月经的女性在得到医生许可后，通常能按照适宜的剂量服用连花清瘟颗粒，还可联合吃双黄连口服液、银翘解毒片等药物改善病情。
来月经的女性应避免私自大量吃连花清瘟颗粒，以防让药物副作用发生概率变大，如恶心、腹胀、口干等现象。对连花清瘟颗粒内的物质过敏时，应禁止吃该药物，防止继发皮肤红肿、红斑、发痒等过敏现象。经期应避免大量喝凉水、吃冰糕，或擅自应用活血类药物，以防诱发痛经或让经量变多，此时需做好腹部保暖准备，多喝温水，维持心情舒畅。