藿香正气水通常可以治疗外感风寒、内伤湿滞、夏伤暑湿导致的腹泻，也就是中暑、胃肠型感冒引起腹泻，对于其他原因，比如胃肠功能紊乱、急性胃肠炎、炎症性肠病、肠结核等引起的腹泻没有明显治疗作用。
一、建议使用：
藿香正气水是一种中成药，药品类型为祛暑药，主要由苍术、陈皮、厚朴（姜制）、白芷、茯苓、大腹皮、生半夏、甘草浸膏、广藿香油、紫苏叶油等多种中药材组成，有解暑除湿的作用。如果患者腹泻是因中暑、外感风寒、饮食寒凉等引起，有发冷、畏寒、头晕、头痛、恶心、呕吐等症状，到医院中医科就诊后发现符合使用藿香正气水的情况，可以使用此药改善腹泻症状。
二、不建议使用：
1、胃肠功能紊乱：主要与精神压力大、免疫功能异常有关，常出现便秘和腹泻交替出现的症状，可以使用地衣芽孢杆菌活菌胶囊、双歧杆菌四联活菌片等益生菌治疗。
2、急性胃肠炎：主要是进食不洁食物，比如吃了变质食物引起细菌感染胃肠道引起，腹泻同时还常有发热、恶心、呕吐等症状，可以使用诺氟沙星胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等抗生素治疗。
3、炎症性肠病：与免疫功能异常有关，常有黏液脓血便出现，可以使用柳氮磺吡啶肠溶片、美沙拉嗪肠溶片等治疗。
4、肠结核：是结核分枝杆菌感染引起，常伴有乏力、盗汗等表现，可以使用抗结核药物，如异烟肼片、利福平胶囊等。
此外，还需要注意的是，即使能使用藿香正气水，此药也并不是直接用来治疗腹泻的药物，如果腹泻严重，有明显面色发白、乏力等脱水症状，还要服用蒙脱石散等止泻药物改善。
而且对藿香正气水成分过敏、孕妇、风热感冒患者等禁用。藿香正气水中含有酒精，不能与头孢氨苄甲氧苄啶胶囊、注射用头孢他啶等头孢类药物，以及甲硝唑片、替硝唑片等药物联合使用，以免引起双硫仑样反应，出现恶心、呕吐、面色潮红等不适症状。