指甲缝里长一层透明肉修剪时会疼，可能是因为角质层增生、嵌甲、甲沟炎等情况引起，应针对具体原因选择合适方式治疗，以改善患者不适症状。
1、角质层增生：多由于指甲角质层过于干燥、清洁过度出现剥离，可能在指甲内或指甲旁边等部位出现，常见于经常接触肥皂或劳动等人群，过度修剪时会出现疼痛症状。应注意保持手部湿润，避免长时间接触水分，还可以选择甘油溶液润滑皮肤。
2、嵌甲：因患者修剪指甲不当，甲周软组织长时间受到摩擦、挤压或指甲畸形等因素，使甲缘刺激指甲软组织周围，多会出现红肿、渗出等情况，还可能会引起局部肉芽组织增生，呈肉色，挤压时会出现疼痛症状。应注意正确修剪指甲，并且给予夹板法、胶带法等方式保守治疗，严重时进行手术治疗。
3、甲沟炎：因致病菌侵袭甲周组织会引起甲沟炎，患者多会出现指甲周围红肿、疼痛等不适症状，有时会在指甲部位形成脓肿，误认为透明肉，按压时会出现疼痛症状。此时应注意使用温水泡脚，遵医嘱使用醋酸氯己定溶液清洁皮肤，必要时给予脓肿引流或拔除指甲治疗。
除上述常见因素外，还应考虑为跖疣、扁平苔藓等疾病，建议患者不适症状长时间并未缓解时，应及时到医院皮肤科就诊，同时注意适度修剪指甲，避免过度修剪。