磁共振检查没有辐射，对人体是比较安全的一种检查，一般情况下对患者身体是没有什么影响的。但在进行检查时，会导致在磁体附近的金属物品受到磁场的吸引，如果携带此类物品，可能会造成人员受伤或者机器的损坏。
磁共振检查是利用射频电磁波对位于磁场中的人体原子核进行激发，发生磁共振现象，然后通过感应线圈来接收这些磁共振信号，进行进一步处理，得到磁共振图像。与CT及X线检查不同，磁共振检查没有辐射，对人体就没有辐射的损伤。因此，儿童、孕妇这类特殊人群也可以进行该项检查。另外，这类检查通常可以发现软组织病变，还可以对其他影像学检查不能检出的疾病有较好的检出效果，比如肿瘤、炎症等。
但需要注意，虽然检查本身对身体的不利影响较小，但是在检查过程中需要去掉身上所带的金属物品。如果患者体内或体外携带有金属物品，可能会导致这些金属的位置发生变化，而且仪器也会受到磁场干扰导致检查结果不准确。
另外，如果是体内存在金属，检查时间长的情况下还可能引发灼伤，甚至引发这类物品失去功能，比如心脏起搏器，进而导致患者心跳停止。这类物品常见的有金属假牙、钢钉、人工耳蜗、钢板等，不能取出者在检查前一定要如实告诉医生。
除上述情况外，进行磁共振时，这种仪器通常会形成一个相对密闭的环境，而且可能发出轻微声响，如果患者有幽闭恐惧症，可能或诱发疾病发作，引发恐慌、焦虑、行为过激、耳鸣、眩晕等反应，此类患者在检查前也需要告知医生，选择其他的方法进行检查。另外，由于检查过程中仪器需要散热，可能会由于温度升高引发患者感到不适，但通常可以耐受，不用过于担心。