金匮肾气丸和五子衍宗丸是两种不同的中成药，虽然都具有补肾的作用，但金匮肾气丸和五子衍宗丸有一定的区别，如药物成分不同、功效和作用不同、禁忌证不同等。
1、药物成分不同：金匮肾气丸主要是由地黄、茯苓、牡丹皮、泽泻、桂枝等中药组成，五子衍宗丸主要是由枸杞子、菟丝子(炒)、覆盆子、五味子(蒸)、车前子(盐炒)等中药组成。
2、功效和作用不同：金匮肾气丸具有温肾补阳、化气行水的功效，主要适用于肾虚水肿、小便不利、腰膝酸软、畏寒肢冷等病症。五子衍宗丸具有补肾益精的功效，主要用于治疗肾虚精亏引起的阳痿不育、腰痛、尿后余沥、遗精早泄等病症。
3、禁忌证不同：金匮肾气丸中含有桂枝等热性中药，阴虚内热、糖尿病、高血压者慎用，以免加重热象，比如口干舌燥、咽喉肿痛、便干尿黄等症状，而且孕妇禁用。小儿、孕妇慎用五子衍宗丸，感冒发热者不宜服用，对五子衍宗丸成分过敏者禁用。
为了避免与其他药物产生相互反应，金匮肾气丸和五子衍宗丸需要严格在医生指导下应用。在用药期间忌烟、酒，以及生冷、辛辣、油腻的食物。若服药后症状得不到 缓解，建议及时到中医科就诊，由专业中医医生通过望、闻、问、切辨证指导，判断是否调整用药方案。