神经递质是在化学突触传递中担当信使的特定化学物质，而兴奋性神经递质和抑制性神经递质的区别在与作用不同。
兴奋性神经递质和抑制性神经递质均在神经信号传递中起到重要作用，兴奋性神经递质主要是促进神经冲动的传递，当这些递质与其特定的受体结合时，会引发细胞内的信号传递过程，导致神经元膜去极化，从而促进神经冲动产生和传播。
兴奋性神经递质使得神经系统中的目标细胞或器官被激活，例如，多巴胺是一种典型的兴奋性神经递质，调控中枢神经系统的多种生理功能。
抑制性神经递质与兴奋性神经递质相反，抑制性神经递质作用于神经元时，会使目标神经元的电位超极化，减少神经冲动的发生的概率。
当抑制性神经递质与其受体结合时，通常会使细胞内离子通道发生变化，导致离子流入或流出细胞，从而抑制神经冲动的产生，代表的抑制性神经递质有γ-氨基丁酸、甘丙肽。
兴奋性神经递质和抑制性神经递质共同作用，可以维持神经系统的稳定，当兴奋性神经递质和抑制性神经递质之间的平衡被打破时，可能导致多种神经系统疾病。