服用复方碘溶液时应注意在医生指导下用药，存在一定的注意事项和禁忌证，如口腔疾患者慎用，以免加重自身损伤。
复方碘溶液可致唾液腺肿胀、触痛，口腔、咽喉部灼烧感、金属味，齿和齿龈疼痛，唾液分泌增加。急性支气管炎、肺水肿、高钾血症、甲状腺功能亢进症、肾功能受损者慎用。应用复方碘溶液能影响甲状腺功能，影响甲状腺吸碘率的测定，甲状腺核素扫描显象结果也受影响，这些检查均宜安排在应用复方碘溶液前进行。活动性肺结核患者、对碘化物过敏者应禁用。
复方碘溶液为复方制剂，属于抗甲状腺药，可用于地方性甲状腺肿的治疗和预防，甲亢治疗后的手术前准备，甲亢危象。复方碘溶液是甲状腺激素合成的原料，可以用于治疗或者预防地方性甲状腺肿，也可以抑制甲状腺激素的释放，治疗甲状腺危象。小剂量的复方碘溶液可以促进甲状腺激素的合成与分泌，可用于单纯性甲状腺肿，大剂量的复方碘溶液可以抑制垂体分泌促甲状腺激素，抑制蛋白水解酶，阻止甲状腺激素的释放。
服用复方碘溶液会存在一定的副作用，如过敏反应，可在服药后立即发生，或数小时后出现血管 性水肿，表现为上肢、下肢、颜面部、口唇、舌或喉部水肿，也可出现皮肤红斑或风团、发热、不适。部分患者可出现关节疼痛、嗜酸细胞增多、淋巴结肿大，但一般不常见，建议患者在医生指导下合理用药。如果出现明显不良反应，可以到普内科等科室就诊，完善血常规等检查明确诊断。