指甲凹凸不平提示指甲已经病变，一般不能自行长好，根据具体病因进行治疗后可能会长好。引起上述症状的原因较多，常见于甲真菌病、手癣、银屑病等因素。
1、甲真菌病：即甲癣，是指甲板以及甲下组织受到真菌感染，常见皮肤癣菌感染引起，还可能是酵母菌、霉菌等真菌。一般无自觉症状，但是指甲的甲板可以出现增厚或破坏，也可能会使甲板表面凹凸不平或破损。此疾病的病程缓慢，若不治疗可迁延终生，需要积极进行抗真菌的治疗，如伊曲康唑胶囊、复方聚维酮碘搽剂等，待新指甲重新长出时可恢复正常。
2、手癣：也属于真菌感染，是由于皮肤癣菌引起，可导致手部皮肤出现改变，如皮肤干燥、水疱、脱屑等，当真菌侵袭到指甲部位，也就会引起此现象。也需要积极进行上述提到的抗真菌治疗，才可以使凹凸不平得到改善。
3、银屑病：俗称牛皮癣，病因尚不明确，主要是由遗传因素、环境因素共同作用下导致，常会使皮肤出现皮疹、红斑、皮肤突起等不适，还可能会有指甲的异常。明确此疾病后，可以在医生指导下使用药物，如甲氨蝶呤片、他克莫司胶囊等。
除上述常见的原因，还可能与卟啉病、肾移植等原因有关。即使没有伴随症状，也建议及时到医院就诊，再根据具体的病情治疗，不可以盲目等待自愈。