阴茎勃起只有3cm，通常属于不正常情况，可能为阴茎短小、隐匿阴茎等原因引起。此时需要积极明确原因，根据具体原因选择合适的方式进行治疗，改善患者不适症状。
1、阴茎短小：多由于性腺激素分泌不足或过多等因素引起睾酮分泌不足，影响阴茎正常生长发育诱发阴茎短小症状，表现为勃起3cm，还会影响正常生长发育，出现身高矮、语言能力发育落后等异常情况，同时还会影响正常性生活出现不育。此时需要积极安慰患者，在阴茎发育稳定后给予阴茎延长术治疗，改善阴茎短小的情况。
2、隐匿阴茎：主要指肉膜发育形成无弹性、较厚的纤维筋膜形成异常筋膜，使阴茎在耻骨联合下多会出现包皮没有包裹阴茎皮等改变，在阴茎勃起时只有3cm。此时需要积极进行手术治疗，在阴茎局部点位等部位切开包皮使包皮外翻，修整后再缝合包皮部位，可以改善隐匿阴茎。
因此，患者出现勃起只有3cm时，需要积极到医院男科就诊，如果进行手术治疗，术后应避免性生活，还需要每月到医院复查，明确阴茎恢复情况。