眼睛里进了小飞虫可以通过家庭处理、药物治疗等方式进行处理，需避免自行揉眼，以免眼睛异物对角膜造成损伤。
一、家庭处理：
1、泪水冲洗：眼睛进去小虫子首先可闭眼，通过流泪的方式可以将小虫子冲出眼睛，且不会对眼睛造成损害。
2、生理盐水冲洗：如果泪水不多，不足以将小虫子冲出，可立即使用生理盐水对眼部进行冲洗，通常能够将小飞虫冲洗出来，同时也可以减少眼部损伤。但是要注意力度，并且不要揉搓眼睛，否则就有可能会出现眼角红肿、疼痛等现象。
二、药物治疗：
1、抗生素药物：小飞虫取出之后，如果眼睛出现了异物感、红肿、疼痛等现象，此时有可能继发感染。对此可以在医生指导下使用抗生素滴眼液进行治疗，例如盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等消炎。如果出现全身症状，例如发热，也可以口服抗生素药物，例如阿莫西林胶囊、头孢克洛颗粒等进行治疗。
2、促进组织修复药物：如果出现眼睛内部损伤，例如角膜，还可遵医嘱使用重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液、重组人表皮生长因子滴眼液等药物促进局部组织再生、修复，可以促进伤口愈合。
3、抗过敏药物：如果对小飞虫组织过敏，可能导致出现眼睛充血、红肿、瘙痒等症状，可遵医嘱使用抗组胺药，例如盐酸奥洛他定滴眼液。
如果一直有残余虫子组织遗留在眼睛内部，无法冲刷干净，还可及时到眼科就诊，由医生将其取出。
在治疗期间就要做好眼部护理措施，不要用手揉眼睛，一定要注意个人卫生，每天晚上睡觉之前可以用干净的毛巾对眼部进行热敷。另外，还要减少长时间看手机或者是电脑等电子产品，避免用眼过度。同时还要注意合理饮食，以清淡食物为主，可以适当多吃新鲜水果和蔬菜。