真菌性肺炎一般是能治愈的，出现疑似肺炎的症状后，需要及时就医诊治，大多数患者经过药物治疗能够治愈，少数患者需要进行手术治疗，可能留有一些后遗症。
真菌性肺炎的确诊比较困难，常常有一定延迟，但可根据真菌药敏结果选择敏感的抗真菌药物，例如氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑、两性霉素B等，往往能够及时控制感染，治愈疾病。有时患者对这类抗真菌药物均不敏感，可由医生指导选用棘白菌素类抗生素，如卡泊芬净、米卡芬净等，这类药物能够直接作用于真菌的细胞壁，且对人体伤害较小，达到治愈疾病的效果。
对于少数曲霉菌、隐球菌、毛霉菌引起的感染，仅用药物治疗很难治愈，需要通过手术切除病灶，随后配合药物治疗稳定病情，才能治愈真菌性肺炎。如果患者有基础疾病，例如糖尿病，或者长期使用免疫抑制剂、激素、抗生素等药物，治愈的难度还会进一步增加，少数重症患者可能无法彻底治愈。
真菌性肺炎的治疗疗程比较长，重症患者所需时间更久，甚至半年到一年以上。治疗期间应遵医嘱，积极治疗原发病，调整作息和生活习惯，清淡饮食，提高治愈率。