脑膜炎奈瑟菌和淋病奈瑟菌感染的鉴别，主要体现在临床症状、实验室检查等方面。脑膜炎奈瑟菌常会引起中枢神经系统感染性疾病，而淋病奈瑟菌感染主要见于性传播疾病。
1、临床症状：脑膜炎奈瑟菌感染人体后通常会出现流行性脑脊髓膜炎，主要经飞沫传播的方式侵入鼻咽部，引起一系列不适症状。流行性脑脊髓膜炎患者早期表现为上呼吸道炎症症状，如鼻塞、流涕、打喷嚏等。当病菌进入血液后，就可引起菌血症或败血症，患者通常会出现高热、恶心、出血性皮疹等症状。当细菌进入中枢神经后，就可以侵犯脑脊髓膜，引起剧烈头痛、喷射性呕吐等症状。淋病奈瑟菌主要引起淋病，通过性接触传播，患者主要表现为生殖器部位不适，如尿痛、尿频、尿道流脓等。
2、实验室检查：脑膜炎奈瑟菌是采集脑脊液、血液或刺破出血斑取出的渗出物进行检查，当发现中性粒细胞内、外有革兰氏阴性双球菌时，就可以初步诊断。血液或脑脊液先接种至血清增菌肉汤培养基，如果出现阳性，还需要做生化反应和玻片凝集试验进行鉴定。淋病奈瑟菌主要是取泌尿生殖道脓性分泌物或子宫颈口 表面分泌物进行检查，如果镜下存在革兰氏阴性双球菌，则可以确诊，另外也可以通过氧化酶试验、糖发酵试验或直接免疫荧光试验等进行确诊。
想要预防脑膜炎奈瑟菌感染，需要控制传染源，并提高机体免疫力，早发现早治疗。淋病是一种性传播疾病，预防感染需要注意性生活卫生，避免出现不洁性生活，还需要避免接触污染的毛巾、衣裤等。