营养不良的治疗以补充营养为主，治疗过程中应遵循五阶梯模式，即饮食+营养教育、饮食+口服营养补充、全肠内营养、部分肠内营养+部分肠外营养、全肠外营养。而治疗营养不良的药物治疗一般可分为肠内营养制剂以及肠外营养制剂。
1、肠内营养制剂：一般用于没有进食条件下的营养不良患者，所有的营养素完全由肠内营养制剂提供，包括口服和管饲两种方法。常见的肠内营养制剂中包括了糖类、脂肪、蛋白质，以及维生素、电解质等多种人体所必需的营养。该方法治疗能更好被机体所吸收，并且还能维持肠黏膜细胞的正常结构，保护肠道屏障功能，但在使用肠内营养制剂治疗时，注意输入的速度以及量，以免引起不适。
2、肠外营养制剂：吞咽障碍患者在肠道完全不能使用的情况下，全肠外营养是维持患者生存的唯一营养来源。肠外营养最合理的方式是使用“全合一”，即将各种营养物质包括脂肪乳、氨基酸、葡萄糖、多种维生素及微量元素等科学地混合配制于同一容器内，同时输注给患者。这种“全合一”的营养液也能够符合人体的吸收模式，但不如肠内营养符合生理状态，通常也是营养不 良患者最无奈的选择。