喝咖啡排便变黑可能是生理性原因导致，如咖啡色素沉积、便秘、其他食物影响，也可能是病理性原因导致，包括胃肠道手术后、消化性溃疡、糜烂性胃炎、食管-胃底静脉曲张破裂出血等。
一、生理性原因：
1、咖啡色素沉积：在喝咖啡量过多、喝深色浓咖啡后，咖啡色素沉积于粪便，可能会致使次日排便时大便颜色加深，是正常现象，不需要处理，注意观察即可。
2、便秘：当人在便秘时，由于粪便在肠道内滞留时间太长，水分吸收增加、蛋白分解，铁元素转化成硫化铁，可导致大便变黑，当便秘症状消除后即可恢复正常，可遵医嘱服用枸橼酸莫沙必利胶囊治疗便秘。
3、其他食物影响：进食动物红肉类、血类和大量绿叶蔬菜等，可致大便变黑或褐色，与食物中有血和铁元素等有关，可能是食物中的铁元素氧化后转化为硫化铁所致，一般无其他不适，1-2天或排便数次后即可恢复正常。
二、病理性原因：
1、胃肠道手术后：当患者做了胃肠道手术，在术后的3-5天时间内可能出现黑便，主要是由于手术过程中胃肠道内有渗血或积血所致，一般在手术1周后完全消除，注意观察大便性质和化验大便，注意饮食管理即可。
2、消化性溃疡：常见的有胃、十二指肠溃疡出血引起的黑便，患者可有规律或不规律的上腹部疼痛、烧灼感、恶心、呕吐、嗳气、反酸等症状，当溃疡面血管损伤后出血，达到50ml以上即可出现大便变黑，此时需要做胃镜检查确诊，可以遵医嘱使用奥美拉唑肠溶胶囊、兰索拉唑肠溶胶囊等质子泵抑制剂进行治疗。针对幽门螺杆菌感染者，需要加上抗生素类药物治疗，如克拉霉素缓释片、甲硝唑片等。
3、糜烂性胃炎：在胃黏膜糜烂较重的情况下，也可引起毛细血管损伤而出血，继而出现黑便，还可伴有嗳气、反酸、上腹部饱胀感、疼痛等不适。患者需要遵医嘱使用抑酸、胃黏膜保护药治疗，如兰索拉唑肠溶胶囊、盐酸雷尼替丁胶囊、胶体果胶铋胶囊等。
4、食管-胃底静脉曲张破裂出血：肝硬化失代偿期出现胃底和食管静脉曲张破裂出血后，可引起大便变黑，除了黑便外还可出现头晕、乏力、呕血、浮肿、呕吐、恶心等症状。患者需要及时进行内镜下止血治疗，并遵医嘱使用止血、抗酸及营养支持药物治疗，如氨甲环酸胶囊、醋酸奥曲肽注射液、奥美拉唑肠溶胶囊、丙泊酚中/长链脂肪乳注射液等。
如果喝咖啡后排便变黑，在排除生理性原因后需要及时到医院消化内科就诊，完善大便常规检查、肠镜检查、胃镜检查等查明具体原因，并根据诊断结果进行治疗。