患者遵医嘱使用水蛭一般没有明显的副作用，但是由于个人体质不同，部分患者服用后可能会有胃肠道不适、过敏等，如果擅自大量服用还可能导致中毒。
1、胃肠道不适：水蛭是一种常见的中药材，为水蛭科动物水蛭或宽体金钱蛭等的干燥全体，性平，味苦、咸，服用后可能会刺激胃肠道，导致腹痛、恶心呕吐等不适症状，特别是本身胃肠功能较弱的人群，症状会相对更加明显。
2、过敏：对于过敏体质的患者，服用水蛭后可能会对含有的某些成分过敏，导致皮疹、皮肤瘙痒、腹泻、喉头水肿甚至呼吸困难等过敏症状。
3、中毒：水蛭有一定的毒性，一般用量较小，如果患者擅自长期或者大量服用水蛭，则可能会导致中毒，出现恶心呕吐、腹痛腹泻、头晕头痛、肌无力、呼吸不畅等不适症状。
此外，水蛭含有的水蛭素具有抗血小板聚集的作用，同时还可分泌一种组织胺样物质，服用后可以扩张毛细血管，增加出血的概率，本身贫血或是有活动性出血情况的患者，应避免服用水蛭。孕妇也不可服用水蛭，否则可能导致胎儿畸形、流产等不良妊娠结局。