益生菌制剂早上吃和晚上吃疗效没有差别，通常不做时间要求。但需要注意的是，不能用沸水冲泡，也不能与抗生素同服，同时应该减少肉食、含糖食物的摄入，否则有可能会对益生菌的疗效造成影响。
益生菌制剂是日常生活中比较常见的一大类活性菌制剂，早上吃或者晚上吃都可以，并不能够区分哪一个好，多数在饭后服用。患者可以根据自己的实际情况，结合医嘱规范使用，并尽量保持每天在同一时间段使用，以促进药效的发挥和稳定。这类药物在使用时有其他注意事项，如需要使用40℃以下的液体送服，可以是水，也可以是牛奶、果汁等。
此外，在服用的时候一定要特别注意，不能和抗生素同时使用，抗生素成分会对益生菌制剂中的活性菌有干扰作用，甚至可能使其失活，进而导致药效大部分丧失。同时吃药期间可以多吃富含纤维素、维生素的食物，比如各种蔬果，应该少吃肉类、奶油蛋糕、巧克力等甜食，以免不利于活性剂生存。
临床上常用益生菌制剂，如枯草杆菌二联活菌颗粒、地衣芽孢杆菌活菌胶囊等，治疗肠道菌群失调所带来的不适症状，比如腹泻、便秘、消化不良或者食欲不振等问题，对于人体 肠道健康是有一定帮助的。如果有此类需求，可以到医院消化科就诊，在医生指导下使用药物治疗。