若肝内钙化灶是受损后形成的瘢痕组织，通常不会有不良危害。但也有可能是肝内胆管结石、肝脏肿瘤等疾病引起的，可能会诱发急性梗阻性化脓性胆管炎、胆汁性肝硬化等并发症，甚至还会危及生命。
1、瘢痕组织：若既往患有肝脏炎症，会使得肝细胞受损，在恢复期间因该处血供变差，未能及时清理坏死物质，钙磷沉积后而形成瘢痕组织。可在做完B超或CT等检查后观察到肝内有和结石相似的强回声、密度较高的阴影，即钙化灶，无明显异常现象，对自身健康没有什么影响，无需特殊的治疗，所以并没有危害。
2、肝内胆管结石：多为细菌感染、寄生虫侵袭等因素，导致胆汁淤滞、钙代谢紊乱，使得肝内胆管结石堵塞胆管，从而会在影像学检查后发生肝内钙化灶，部分患者没有明显症状，少数患者可能会发生肝区隐痛、呕吐、发热等现象。若没有及时配合医生采取消炎、碎石等处理，使得肝功能紊乱或受损的程度进一步变重，可能会诱发严重的并发症，如急性梗阻性化脓性胆管炎、胆汁性肝硬化等疾病。
3、肝脏肿瘤：常由肝炎、肝硬化等继发而来，可能与遗传、环境等因素有关，患病后因肿瘤组织的影响，多会使得肝细胞变性，钙质堆积在肝内后，从而可有肝内钙化灶的现象，可引起身体无力、体重变轻、黄疸等现象。如果是恶性肿瘤，癌细胞还可扩散到其他部位，明显威胁患者生命，应遵医嘱行手术切除、化疗等处理方式改善病情。
此外，肝囊肿等疾病也会使得肝细胞受到不同程度损害，肝脏纤维化或异常增生后也可有肝内钙化灶的现象，应到肝胆外科做核磁共振、血常规等检查以明确诱因或疾病进展，再配合医生采取手术、抗感染类药物等方法缓解症状。平时应适当多吃鱼肉、猪肉、豆皮、西瓜等高营养食物，以补充因疾病而丢失的营养或能量，辅助病情好转。