口腔念珠菌病的药物治疗，以局部用药为主，辅以全身药物治疗。也可以注射增强免疫力的药物促进恢复。
1、局部药物治疗：氧己定溶液、氧己定凝胶可与制霉菌素配伍成软膏或霜剂，加入少量曲安奈德，可涂抹于口角，氯己定溶液和碳酸氢钠溶液可交替漱洗口腔，咪康唑散剂、霜剂用于涂抹口腔黏膜和口角，这些都有助于控制口角与口腔的炎症。制霉菌素水混悬液可涂布在患病处，起到抗真菌的作用，便于消除舌及口角的炎症；
2、全身抗真菌药物：氟康唑是目前临床应用最广的抗真菌药物，也是治疗白念珠菌的首选药物，也可使用伊曲康唑等药物；
3、增强机体免疫力药物：可注射胸腺素、转移因子。
如果出现异常增生的慢性增殖性念珠菌病，在治疗期间应严格观察，若疗效不明显，应由医生评定考虑手术切除。