房间隔缺损的好发部位是卵圆孔，此类缺损可能是先天性卵圆孔未闭导致，也称为原发孔未闭，但更多的是继发孔型房间隔缺损。
1、原发孔未闭：卵圆孔通常会在出生后的一年内自然闭合，若当时没有闭合，也可能会在后续生长发育过程中闭合。如果卵圆孔长期未闭合，则称为卵圆孔未闭，也就是典型的原发孔未闭，此时左右心房间就会出现缺损。多数患者可能不会出现血液异常分流的情况，或即便分流，分流量也比较小，所以可能不伴随不适症状。但如果进行剧烈运动，就会导致右心房压力高于左心房，此时心脏内的血液就会从右向左异常流动，患者就会出现头痛、头晕、呼吸困难等症状。此时应立即停止剧烈运动，注意休息。
2、继发孔型房间隔缺损：是常见的先天心脏发育缺陷，不同患者出现缺损的部位也有所不同，主要包括中央型缺损、上腔型缺损、下腔型缺损以及混合型缺损等类型。临床比较常见的是中央型缺损患者，一般表现为运动后出现心悸、胸闷、气短、乏力、呼吸费力等症状。
一般情况下，房间隔缺损会在儿童时期逐渐闭合。若存在较小的闭合不全，多数不会产生病理影响。若患者为成年人，检查时发现房间隔缺损伴随右心室负荷增加，则要考虑遵医嘱进行手术治疗。