益生菌粉服用时需使用温水冲服，一般建议随餐或饭后服用，不可与抗生素类药物同时服用，以免影响药效，同时不可滥用益生菌粉，须严格遵医嘱。
1、温水冲服：益生菌粉主要成分为有益益生菌，益生菌具有一定的活性，服用时需严格控制水温，一般可以使用不高于40℃的温水进行冲服，适宜的温度有利于防止益生菌活性被破坏，用药以后有利于改善身体肠道菌群失调引起的腹泻或是便秘，同时还可以用于缓解细菌性肠炎、消化不良等引起的腹痛、腹泻，促使肠道内的菌群恢复平衡状态。
2、随餐或饭后服用：通常在进食后胃内会产生较多的胃酸中和食物，随餐或饭后服用益生菌，有利于食物将益生菌成分包裹起来，减少胃酸对益生菌的破坏，使得进入肠道的有效菌群数量更多，更有利于药效的发挥。
3、不可与抗生素药物同时服用：患者在服用益生菌粉的期间，如同时服用抗生素药物，如头孢克肟分散片、青霉素V钾片等，应注意两者之间应间隔2-3小时，因为抗生素较强的灭菌功效，如同时服用可能减少菌群数量，不利于疾病的恢复。
4、不可滥用益生菌粉：正常情况下，人体肠道内的菌群环 境保持平衡的状态，如滥用益生菌粉，有可能导致肠道菌群紊乱，甚至诱发肠炎，不利于肠道健康。
益生菌使用期间具体的使用方式和用量，还需要听从专业医生指导，不可盲目用药，药物调理期间通常需要保持清淡合理以及易消化饮食，避免吃生冷和刺激性的食物。