枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊在饭前和饭后都可以服用，在服用的时候一般没有特殊的禁忌，患者可以根据自身情况选择合适的用药时间。
枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊由枯草杆菌及屎肠球菌复合而成，药品类型为微生物药，可以用于治疗肠道菌群失调以及抗生素、化疗药物等引起的腹泻、便秘、腹胀、消化不良、食欲缺乏等。此药物在服用的时候通常没有特殊的禁忌，不会因服用药物的时间而影响到药物治疗疾病的效果。
在饭前和饭后服用枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊，药物都可以被肠胃吸收以及利用，然后进入血液内达到治疗疾病的作用。但由于身体状况以及病情症状不同，服用的药物剂量会有一定的区别，因此在服用药物的时候要遵医嘱使用，不可以擅自增减药量。另外在服用药物期间不可以喝酒，因为酒里面含有酒精，属于刺激性的饮品，容易影响药物吸收进而降低药效。
如果正在服用其他的益生菌类药物，则在服用枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊的时候，需要如实告知医生，防止药效之间发生相互作用。如果服用药物后症状长时间未缓解，建议及时前往医院的消化内科就诊，通过血常规、尿常规 检查明确病因。