人工虫草和天然虫草存在生长环境不同、价格不同、价值不同的区别，另外，在营养载体和生长周期等方面也存在一定的差异。
1.生长环境不同：人工虫草是在室内进行人工培育，而天然的虫草是生长在海拔3000-5000米的高原上，常年温度在20℃以下；
2.价格不同：由于天然虫草生长受自然条件的限制，产量有限，因此价格比人工虫草昂贵；
3.价值不同：虫草味甘、性温，入肺经、肾经，具有滋肺补肾的功效，由于人工虫草是经过人工培育而制成，其药效价值和天然虫草相比可能会有所差异，相比天然虫草中含有更丰富的有效成分；
4.营养载体不同：天然虫草是以自然虫体营养为基础，而人工培植的虫草是以人工营养为基础，培育而成；
5.生长周期不同：由于天然虫草的生长可能受自然条件的限制，生长周期相对人工虫草长。
此外，还有外观不同等区别。通常人工虫草和天然虫草制剂的药理活性基本相同，因此，若由于经济等原因无法选择天然虫草，则可以选择人工虫草替代。