脚上有小洞可能是急性损伤、窝状角质松解症、鸡眼等因素所导致的，确诊以后应当及时进行治疗，在治疗期间也要做好各方面护理。
1、急性损伤：比如踩到了坚硬的物体，导致脚上出现了损伤，就会引起上述情况，伴有疼痛、出血等症状。应当及时进行消毒处理，并且配合口服抗生素类药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片等，防止出现感染。
2、窝状角质松解症：与刚果红嗜皮菌感染有关，可导致足跖部角质剥脱、腐蚀，进而形成有洞的表现，除角质有改变外，继发感染可呈棕色或黑色外观，多无自觉症状。可以口服红霉素肠溶片，或外用四环素软膏进行治疗，有利于机体恢复。
3、鸡眼：长时间穿高跟鞋或者是长期站立以及行走，可能会导致脚底部出现鸡眼，就会使局部出现小洞，通常为一个病灶，可能伴有按压疼痛症状，严重时可影响日常行走。需使用水杨酸软膏等药物进行治疗，也可行手术治疗彻底去除鸡眼。
4、脚癣：感染皮肤癣菌引起的足部浅表皮肤出现水疱、脱皮表现，可有小洞出现，通常病变范围较大，多发，而且皮肤颜色发白伴糜烂表现。需要使用硝酸咪康唑溶液、曲安奈德益康唑乳膏等药物控制疾病。
5、汗疱疹：可能与接触过敏原、免疫力低下等因素有关，表现为脚趾侧面出现透明水疱，疱液排出后可有小洞，伴有瘙痒、灼热等表现。需要积极规避过敏原，均衡饮食提高体质，也可使用炉甘石洗剂控制瘙痒症状。
脚上有小洞建议到皮肤科进行体格检查、皮肤组织化验等加以明确，并指导治疗。针对原发病应进行处理，通常效果更好，治疗期间需要注意脚部卫生、透气、干燥，日常用品需要消毒。