桂附地黄丸和金匮肾气丸的区别，主要是成分不同、功效不同、药物分类不同、服药禁忌不同。患者服用药物之前，应到中医科就诊，由医生通过望、闻、问、切进行辨证论治，不可自行盲目服用，以免用药不当导致身体出现不良反应。
1、成分不同：桂附地黄丸是由熟地黄、肉桂、制山茱萸、制附子、茯苓、泽泻、山药、牡丹皮等制作而成，而金匮肾气丸由地黄、桂枝、山药、酒茱萸、茯苓、牡丹皮、泽泻、制附子、牛膝、盐车前子等制作而成。
2、功效不同：桂附地黄丸具有温补肾阳的功效，主要用于肾阳不足、腰膝酸冷、小便不利或反多、痰饮喘咳，而金匮肾气丸具有温补肾阳、化气行水的功效，因此金匮肾气丸比桂附地黄丸多一项消除水肿的功效，可用于肾阳虚引发的水肿。
3、药物分类不同：桂附地黄丸属于非处方药物，一般可自行在药店购买，而金匮肾气丸的部分剂型属于处方药物，需要由医生开处方才能拿药。
4、服药禁忌：金匮肾气丸行气作用较强，可能引发流产，因此孕妇禁用，而且忌气恼，而桂附地黄丸与其他药物同时使用，可能会发生药物相互作用，儿童、孕妇、哺乳期妇女应在医师指导下服用，感冒发热病人不宜服用。
在服用桂附地黄丸和金匮肾气丸期间，都应该注意避免摄入过冷的食物，避免着凉或长期处于寒凉环境，以免导致肾阳进一步损伤。同时，尽量避免摄入油腻、辛辣的食物，以免造成药物成分吸收不良，影响疗效。