甲状腺功能减退分为原发性甲减和继发性甲减，低T3综合征与原发性甲减的最主要鉴别要点在于促甲状腺激素（TSH）水平，但是低T3综合征与继发性甲减单纯靠促甲状腺激素（TSH）水平是很难鉴别的，这两者可以看反T3（rT3）是否升高来进行鉴别。
低T3综合征又称为甲状腺功能正常的病态综合征，多是由于各种急性慢性、全身性非甲状腺疾病对甲状腺功能造成了影响，患者血液内三碘甲状原氨酸（T3）含量降低，但是患者体内的促甲状腺激素（TSH）水平是正常的，这也是和甲状腺功能减退可以作出区分的一个方面。患者会出现低T3综合征多是由于人体在重大疾病下的一种自我保护机制，在患者出现恶性肿瘤、重度营养不良、器官衰竭等问题时，患者体内的T3转化为rT3，rT3的水平升高，就能够减缓患者的器官、组织的分解代谢，从而利于病情的恢复。
1、低T3综合征与原发性甲减的鉴别：
原发性甲减有甲状腺本身发生的病变，为甲减的常见类型。原发性甲减患者表现有TSH的显著升高，T3、T4的降低，但rT3正常；低T3综合征患者则表现有TSH的正常或略低，T3降低，T4多数正常（但重症患者T4也有可能降低），rT3升高。所以二者的鉴别可以依靠TSH或者rT3的水平。
2、低T3综合征与继发性甲减的鉴别：
继发性甲减是由于下丘脑和脑垂体的病变，促甲状腺激素释放激素和促甲状腺激素分泌减少，引起甲状腺生成甲状腺激素的减少。继发性甲减除了表现有TSH的降低，T3、T4的降低，但rT3正常，由于脑垂体的病变，导致血皮质醇和促性腺激素分泌减少，出现还会催乳素（PRL）的分泌增多，影像学MRI检查还会显示脑垂体和蝶鞍的增大等异常现象。由于低T3综合征患者TSH水平也是较低的，所以二者的鉴别可以依靠rT3和影像学检查。
当患者提示T3降低时，不可直接诊断为甲状腺功能减退，避免错误的治疗会造成患者出现医源性甲亢，当患者出现低T3综合征时，还是要积极找到原发疾病并进行治疗。