牙齿咬合的时候牙根酸痛可能与多种因素有关，常见主要包括龋齿、牙龈炎、牙周炎、牙髓炎等，需要根据具体原因采取相应的治疗措施。
1、龋齿：通常是细菌感染、进食过多含糖量高的食物引起的，可导致牙齿表面出现黑线、黑洞，并伴有咬合痛等症状，从而表现为牙齿咬合的时候牙根酸痛。患者需及时遵医嘱进行补牙治疗，常用的补牙材料包括复合树脂、银汞合金等。
2、牙龈炎：通常是牙结石、食物嵌塞等因素引起的，患者会出现牙龈肿胀、疼痛等症状，局部炎症还可刺激牙齿，出现牙齿咬合的时候牙根酸痛的症状。患者可遵医嘱通过超声波洁牙术的方式进行治疗，去除局部刺激性因素，改善不适症状。
3、牙周炎：通常是牙菌斑、牙结石刺激等因素引起的，可导致患者出现牙龈红肿、牙齿咬合痛、牙齿松动、牙龈萎缩等症状，表现为牙齿咬合时牙根酸痛。患者可遵医嘱服用甲硝唑片、替硝唑片等药物治疗，若治疗效果不佳，则需进行手术治疗。
4、牙髓炎：通常是由龋齿发展而来，可导致患者出现牙齿咬合痛、自发痛等症状，且疼痛程度通常较为剧烈。患者需进行根管治疗，配合医生进行开髓去腐、根管拔除、根管填充，并佩戴牙冠，恢复牙齿的形态及咀嚼功能。
除此之外，患者出现牙齿咬合的时候牙根酸痛，还可能与颞下颌关节炎、根尖周炎、牙齿隐裂等疾病有关，需及时前往口腔科就诊，完善视诊、X线等相关检查，明确具体原因并积极配合医生治疗。