黄连上清丸和牛黄上清丸在药物成分及性状、功效及适应证、禁忌证等方面存在区别，两者均属于中成药，建议在医生辨证论治后使用。
1、药物成分及性状：黄连上清丸由黄连、栀子(姜制)、连翘、炒蔓荆子、防风、荆芥穗、白芷、黄芩、菊花、薄荷、酒大黄、黄柏(酒炒)等中药材制成，为暗黄色至黄褐色的水丸。牛黄上清丸的主要成分为人工牛黄、薄荷、菊花、荆芥穗、白芷、川芎、栀子、黄连、黄柏、黄芩、大黄、连翘、赤芍等，为红褐色至黑褐色的大蜜丸。
2、功效及适应证：黄连上清丸具有清热通便、散风止痛的功效，适用于缓解内热火盛引起的头晕、脑胀、牙龈肿痛、口舌生疮、咽喉红肿、耳痛、耳鸣、红眼病、大便干燥、小便色黄等病症。牛黄上清丸具有清热泻火、散风止痛的功效，适用于缓解热毒内盛、风火上攻所致的头痛、眩晕、目赤耳鸣、咽喉肿痛、口舌生疮、牙龈肿痛、大便燥结等症状。
3、禁忌证：黄连上清丸清热、泻火的作用较强，服用后可能会使脾胃虚寒症状有所加重，故脾胃虚寒者禁用，牛黄上清丸尚无明确的禁忌证。
黄连上清丸和牛黄上清丸有一定区别，但在 用药过程中均需要注意观察用药反应，如果用药3天后症状未见缓解，患者可及时到中医内科复诊，完善望诊、闻诊、问诊、切诊等检查。