粉刺针可以用75%的酒精进行消毒，也可进行高温、高压消毒，能够降低发生皮肤感染的概率。粉刺针可直接与皮下组织或血液接触，在去粉刺的过程中往往有出血现象，污染机会较多，如果消毒不严格，就有可能导致因污染器械造成皮肤感染。
使用粉刺针之前，人们可以用75%的酒精浸泡30分钟左右，能够起到消毒作用，可杀灭部分细菌和真菌，减少感染。另外也可以使用高压锅蒸汽消毒，高温煮沸后也能够起到消毒作用，此后建议密封在无菌的包装袋中，下次使用时直接取出即可。但是粉刺针穿刺只能挑破表浅的脓疱，深部脓肿难以穿透，脓液及皮脂样物不能充分引流，药物也不能到达病灶深部，因此治疗效果不好，容易复发。
用粉刺针清除粉刺、成熟脓疱时应首先用清水及洗面乳清洁面部，再用喷雾机对面部进行热喷雾处理15分钟左右，之后用酒精棉球消毒已成熟的脓疱，再用已经消毒的粉刺针尖端挑刺脓疱，用粉刺针钢圈端按压挑刺过的脓疱直至脓液挤出，再用酒精棉球消毒挑破的脓疱。在上述过程中，任一步骤操作不当都可能对皮肤造成伤害，因此不建议自行操作，而是到医院皮肤美容科就诊，由医生进行专业的操作。