褪黑素和安眠药的区别主要在于性质以及机制不同、适应证不同、不良反应不同等。褪黑素和安眠药都有助眠作用，但褪黑素属于保健品，安眠药属于药品。
一、性质以及机制不同：
1、褪黑素：褪黑素一种体内激素，人体本身就可以分泌，主要是脑垂体中的松果体分泌，可以诱导自然睡眠。褪黑素分泌会根据光照、黑暗的环境出现节律性变化，因此服用褪黑素有助于调节人体睡眠，使深度睡眠时间延长、觉醒时间减少。而且褪黑素本身还有抗衰老、调节免疫功能等生理作用。
2、安眠药：安眠药属于一类有镇静催眠作用的药物，大多是人工合成的，类型多，主要有苯二氮䓬类药物和非苯二氮䓬类药物。还有部分抗焦虑药物、抗抑郁药物、抗组胺药物，以及有镇静安神作用的中成药也属于广泛意义上的安眠药。基本作用原理是通过抑制人体中枢神经系统的兴奋性，促使人进入睡眠，延长总的睡眠时间。
二、适应证不同：
褪黑素更适用于调整时差，缓解时差混乱，比如经常跨时区飞行等引起的失眠症状。安眠药更适合用于治疗各种神经系统疾病引起的失眠，主要是通过抗焦虑、抗癫痫、松弛全身肌肉等达到促进睡眠的目的。
三、不良反应不同：
褪黑素的副作用相对安眠药来说比较小，部分人使用之后可能会出现易疲劳、做噩梦等现象，过量补充还有可能反向影响睡眠质量，加重失眠情况。而安眠药副作用较大，可能出现神经系统症状，如头晕、乏力、嗜睡、幻觉等，在长期的使用下可能会产生依赖性，过多使用可能会引起安眠药急性中毒，甚至危及生命。
如果需要使用安眠药或者褪黑素，应咨询专业医生后严格用药。平时也要养成良好的生活习惯，建立规律的作息时间，比如每天尽量同一时间上床睡觉，保证睡眠环境黑暗，避免强烈光线刺激等。