甲硝唑凝胶使用时应先将局部清洗干净，然后在长痘痘的部位涂抹。甲硝唑凝胶是抗生素，为局部外用制剂，具有较强的抑菌作用，主要可抑制厌氧菌和滴虫感染，可以用于脓疱疮、酒渣鼻红斑和炎症性丘疹的局部治疗。
使用甲硝唑凝胶前，患者应先将手部，还有痘痘局部用清水清洗并擦拭干净。然后可用手指或棉签等器具沾取适量甲硝唑凝胶涂抹在痘痘上，具体药量结合痘痘的大小和多少进行调整。涂抹均匀后可适当按摩几分钟，能帮助促进药物吸收，药物涂抹后并不需要特殊清洗，之后保持清洁干净即可，但不可再涂抹其他护肤品或化妆品，以免影响药效。
甲硝唑凝胶涂抹时要避开眼睛口、鼻等部位，如果用药部位有红肿、烧灼感等情况，应立即停药，并将药物洗干净，必要时去医院向医师咨询处理。
痘痘的发生与痤疮丙酸杆菌感染有一定关系，因此，使用甲硝唑凝胶局部外擦来治疗有一定效果。此外，也可视情况搭配壬二酸、水杨酸等药物制剂，可以帮助更好地祛除痘痘。建议到医院皮肤科咨询医生，得到医生允许后，遵医嘱搭配应用，不可自行盲目应用，以免对局部皮肤造成其他损伤。