大多数人群按照规定正确进行核磁共振检查，虽有一定噪音，但并不会对人体造成伤害。若是存在检查禁忌，如携带金属物品、不能配合检查、患有特殊疾病等，检查时可能对身体造成伤害，严重时还会危及生命。
1、携带金属物品：体内植入起搏器、冠脉支架、钢板等金属物的人群，进行核磁共振检查时，则可能会使心脏起搏器失效，起搏功能丧失，进而可影响机体心脏正常跳动。且患者在进行此检查时，容易使得支架、钢板等受吸附力影响，在体内产生位移，对植入部位及周围组织产生牵拉、刺激，影响组织、器官功能。
2、不能配合检查：如果患者处于昏迷状态或有情绪躁动、不自主运动等情况，可能无法配合检查，不能顺利检查，还可能影响检查结果、造成意外伤害等。
3、患有特殊疾病：若自身患有幽闭恐惧症、癫痫等，需避免做核磁共振，以免将患者置于陌生环境，诱使疾病急性发作，甚至会加重病情。
4、其他情况：部分患者需要使用呼吸机、体外循环设备等，以维持生命，也不能做核磁共振。检查期间需要撤去支持仪器，可能会造成患者生命终止，可以用床边彩超进行检查。
核磁共振检查是一项比较安全的检查方式，对于一般人群来说没有太大伤害，需要检查时建议先咨询体检科、放射线科医生的建议，由医生综合评估后，再决定是否检查。