由于肝素的用途不同，其配制方法存在一定的区别，例如用于封管或者冲管等，肝素的具体用量不同，其配制方法也存在不同。
肝素是一种抗凝血、抗血栓形成的药物，在临床应用的场景较多，例如用于封管，配制1250U/毫升的浓度，则需要使用0.9%氯化钠溶液2毫升加肝素钠0.5毫升混匀，然后排至2毫升备用。
而配制2500U/毫升的浓度的封管液，则需要0.9%氯化钠溶液1.2毫升加肝素钠0.8毫升混匀备用。具体的浓度，需要根据医嘱执行。
另外肝素还可以用于心脏手术体外循环开始前全身肝素化，需要根据患者的体重来进行配制，将肝素液浓度配制成10毫克/毫升，例如患者体重50千克，则需要取2支肝素注射液，抽取0.9%氯化钠溶液，将其稀释到20毫升备用。
而如果用于动脉置管冲管时，则需要取1支肝素注射液，抽取0.9%氯化钠溶液，将其稀释至8毫升，将浓度配制成12.5毫克/毫升。每瓶250毫升0.9%氯化钠溶液中加入12.5毫克肝素注射液，连接好输血器及三通后交麻醉医生备用。
肝素具有持久的抗血栓形成作用，由于60岁以上老年人(特别是女性)，对肝素较敏感，因此使用本品期间可能易出血，需要加以注意。