慢性肠胃炎医学上称为慢性胃肠炎，可以根据情况遵医嘱吃益生菌、促胃动力药、解痉镇痛药、抗生素以及胃黏膜保护剂等药物。患者应避免自行服药，也不可自行增减药量，要按时到医院进行复查。
1、益生菌：益生菌可以在胃肠内形成一层保护膜，有效阻止病毒侵犯消化道，可以刺激胃肠分泌抗体，有效缓解便秘、胃肠虚弱的症状，常见益生菌药有乳酸菌素片、双歧杆菌乳杆菌三联活菌片等。
2、促胃动力药：是一种外周多巴胺受体拮抗剂，可以帮助人体消化，有效促进肠道蠕动，加快胃排空的时间，可有效缓解恶心、呕吐等症状，常见药物有多潘立酮片、西沙必利片等。
3、解痉镇痛药：该类型的药物可以抑制腺体分泌，缓解炎症对身体产生的刺激，帮助控制慢性胃肠炎患者的腹痛症状，此类药物包括硫酸阿托品片、消旋山莨菪碱片等。
4、抗生素：有杀菌、灭菌的作用，可治疗因炎症感染导致的慢性胃肠炎，缓解腹痛、腹泻等症状，常见药物有诺氟沙星片、头孢呋辛酯片等。
5、胃肠黏膜保护剂：可以包裹胃肠黏膜表面，防止胃肠黏膜因胃酸过度分泌而反复受到刺激、伤害，可缓解反酸、呕吐等症状，常见药物有铝碳酸镁咀嚼片、硫糖铝片等。
6、其他：此外，还包括止泻药，蒙脱石散、盐酸洛哌丁胺胶囊等；抑酸药，如西咪替丁片、奥美拉唑肠溶胶囊等；止吐药，如盐酸氯丙嗪片、苯海拉明片等。根据患者所表现的情况遵医嘱选择对症药物。
慢性胃肠炎患者除遵医嘱服用上述药物外，日常还应注意清淡饮食，避免食用辛辣、刺激的食物，注意腹部保暖，避免受凉。