眼睛有眼泪时会特别地疼可能是眼部异物等非疾病因素导致，也可能与眼部外伤、眼干燥症、角膜炎、青光眼、倒睫等疾病因素有关，患者可根据不同的原因进行针对性地治疗。
一、非疾病性因素：
如果眼睛不小心进入沙子、飞虫等异物时，可摩擦眼角膜和结膜，从而出现眼睛异物感、流泪，伴有疼痛。一般这些细小的异物可通过不断眨眼等方式排出，排出后疼痛情况也会有所缓解。
二、疾病因素：
1、眼部外伤：若由于直接暴力或间接暴力导致眼部皮肤的神经或肌肉受损，可能会使局部皮肤出现破溃，若此时流眼泪，就可能会因眼泪中含有的无机盐等成分刺激伤口，进而出现疼痛。建议患者及时进行消毒，若伤口过大，还需要在医生的操作下进行清创、缝合等治疗。
2、眼干燥症：多与年龄、缺乏维生素、泪液分泌不足等因素有关，眼睛干涩会直接刺激泪腺分泌，部分眼干燥症患者的角膜和结膜组织可见大量树突状细胞浸润，炎症刺激会导致眼睛有烧灼感、疼痛。患者可在医生的指导下使用玻璃酸钠滴眼液、盐酸金霉素眼膏等药物进行治疗。
3、角膜炎：多与外部微生物侵入感染有关，由于角膜中含有感觉神经纤维，局部受到炎症的刺激时患者会出现反射性流泪并伴随疼痛，此外还会出现怕光、角膜充血等症状。建议患者在医生的指导下使用妥布霉素眼膏、头孢克肟片等药物进行治疗，若疾病不断加重，还可进行手术治疗，如角膜移植术等。
4、青光眼：多与遗传因素、长期服用皮质类不纯激素等因素有关，发病时眼内压会随之增高，可导致视神经供血不足，从而出现流泪眼睛疼痛，还可能会伴随头痛、眼胀等症状。建议患者在医生的指导下使用布林佐胺滴眼液、硝酸毛果芸香碱滴眼液等药物进行治疗，还可配合医生进行手术治疗，如眼外引流手术等。
5、倒睫：是指睫毛位置异常并倒向眼球，造成眼部疼痛、畏光、流泪及异物感等不适，在睫毛长期摩擦的影响下，还会导致结膜充血、角膜浅层混浊，进而引起眼痛、眼红、流泪。患者可应用镊子拔除倒睫，也可以进行激光消融、电解治疗等。
6、其他原因：结膜炎、葡萄膜炎、泪腺炎、泪囊炎等都有可能导致眼睛有眼泪时会特别地疼，可根据具体原因进行治疗。
建议患者及时到医院眼科就医，配合医生进行眼底检查、裂隙灯检查、结膜病理学检查等明确具体原因。