PET-CT的副作用，主要是在检查过程中会对人体产生一定的辐射。PET-CT指的是正电子发射计算机断层显像，是把PET和CT两种医学影像的设备整合在一起的新设备。
在PET-CT检查过程中，辐射主要来自药物的放射性与CT扫描所产生的电离辐射，但其一次检查所产生的辐射在人体可以接受的范围之内。在做PET-CT检查时会在人体引入放射性药物，主要应用的药物为18F-FDG(氟代脱氧葡萄糖)。此种药物的半衰期短，患者所接受的辐射剂量较小，使用比较安全，一般情况下进行PET-CT检查的患者，在几个小时后体内就没有放射性。
另外，PET-CT中CT的作用主要是用来进行定位，所带来的辐射剂量也比较小，通常低于常规的CT检查。但做完PET-CT的患者在一天之内尽量不要接触孕妇和儿童，并多喝水，以促进药物和放射物排出体外。
PET-CT一次扫描可以反映活体生物体的功能代谢信息和解剖结构信息，临床主要应用于恶性肿瘤、脑部癫痫病灶定位、痴呆早期诊断、脑受体研究及心脏等疾病的早期发现和诊断。因此，建议有充分的临床理由行PET-CT检查，以实现辐射实践正当性。