上完厕所肛门疼痛，可能由于痔疮、肛裂、肛周脓肿、肛窦炎、直肠癌等疾病因素导致，应根据原因采取相应的处理措施。
1、痔疮：是肛垫的病理性肥大、移位及肛周皮下血管丛血流淤滞形成的团块，如果几天没有排大便，大便在肠道内被吸收水分变得干燥，在排便时，干燥的大便会压迫迂曲的静脉丛，产生疼痛的感觉。患者可以遵医嘱使用乳果糖口服溶液、硫酸镁钠钾口服用浓溶液、麻仁软胶囊等缓泻剂治疗，也可以使用柑橘黄酮片等静脉活性药物，同时还可以服用对乙酰氨基酚片缓解疼痛症状。
2、肛裂：是指齿状线以下肛管皮肤全层破裂形成的慢性溃疡，若长时间出现便秘的情况，大便变得比较干燥，在用力排便时则容易出现肛裂的情况，此时大便可刺激形成溃疡的肛管皮肤，出现疼痛的症状。患者可以遵医嘱外用硝酸甘油软膏、复方黄柏液涂剂等药物，还可以使用盐酸利多卡因胶浆、吲哚美辛呋喃唑酮栓等药物止痛。
3、肛周脓肿：是指肛管直肠周围软组织或其周围间隙发生的急性化脓性感染，并形成脓肿，肛周脓肿患者在排便时会刺激肛管直肠周围软组织，出现疼痛症状。患者需要遵医嘱服用阿莫西林胶囊、盐酸环丙沙星片、甲硝唑片等抗生素药物治疗，药物不能缓解症状者需要进行脓肿切开引流手术。
4、肛窦炎：是指发生在肛窦部位的炎症性疾病，肛瓣与相邻两个肛柱下端之间共同围成的开口向上的隐窝称肛窦，肛窦炎患者排便时，大便会刺激发生炎症的肛窦部位，引起肛门疼痛的症状。患者可遵医嘱用氨酚羟考酮片、痔疮栓止痛，也可以使用罗红霉素片、克拉霉素片、阿奇霉素片等抗生素进行全身治疗。
5、直肠癌：是指发生在直肠的恶性肿瘤性疾病，由于大便时可压迫直肠部位的肿块，从而出现肛门痛的症状。建议患者及时进行手术治疗，并配合放疗、化疗等辅助治疗措施。
患者出现上完厕所肛门疼痛的症状，需要及时去肛肠外科就诊，进行血常规检查、肛门镜检查、直肠指检检查等明确具体情况，平时注意不要吃辣椒等食物，以免加重对肛门的刺激。