衣原体与细菌的不同点是病原微生物种类不同、致病后的临床症状不同，以及治疗方法不同、是否具有胞壁酸、生存方式不同。
1.原微生物种类不同：衣原体是一类能通过滤菌器、严格细胞内寄生、在宿主细胞中有独特的生活周期的微生物。细菌则是一类单细胞微生物，能够独立于宿主细胞进行生存和繁殖；
2.致病后的临床症状不同：衣原体感染的临床症状可能包括呼吸道感染、生殖系统感染等，如沙眼衣原体引起的沙眼和生殖器衣原体感染。细菌感染的症状则更加广泛，涉及呼吸系统、消化系统、血液系统多种临床表现；
3.治疗方法不同：衣原体感染的治疗主要依赖特定的抗生素，如四环素类和喹诺酮类抗生素。细菌感染的治疗则更加多样，需要根据细菌种类和抗药性选择合适的抗生素；；
4.是否具有胞壁酸：衣原体没有细胞壁结构，所以衣原体内不含胞壁酸，而大多数细菌具有完整的细胞壁，包括细胞壁酸；
5.生存方式不同：衣原体是细胞内寄生微生物，必须依赖宿主细胞提供能量。细菌可以在宿主体内外独立生存。
在生活中，无论出现衣原体感染还是细菌感染， 均可能出现发热症状，此时可以去医院感染内科就诊，采取血常规、细菌培养等检查明确感染类型，之后采取相应治疗。