吃完避孕药小腹隐隐作痛可能是由于非疾病因素造成，比如精神紧张、子宫收缩、撤退性出血、消化道反应等，也可能是由于疾病因素造成，比如妇科疾病、胃肠道疾病等。
一、非疾病因素：
1、精神紧张：如果女性在服用避孕药后，心里存在害怕怀孕等想法，会使精神一直处于紧张状态，而女性精神紧张会使交感神经处于兴奋状态，从而使胃肠道肌肉出现异常收缩现象，诱发肠道痉挛，出现痉挛性小腹隐痛。此时女性无需过于紧张，放松心情即可，通过转移注意力的方法缓解紧张、焦虑的情绪，比如玩手机、看电视、听音乐等。
2、子宫收缩：避孕药中通常含有雌激素和孕激素，女性在服用避孕药物后，体内的激素水平会发生变化，会使子宫平滑肌出现收缩，使血管出现痉挛，引起子宫不规律收缩，出现小腹隐痛症状，还会伴有月经紊乱、月经减少等症状。上述情况属于药物的不良反应，可以使用热毛巾敷于腹部，促进局部的血液循环，起到缓解疼痛的作用。
3、撤退性出血：避孕药中含有孕激素，女性在服用避孕药后孕激素会上升，会使子宫内膜出现剥脱，从而引起出血，此时相当于来一次月经，如果前列腺素分泌过多，会使子宫出现痉挛，表现为小腹隐痛。此时一般无需特殊治疗，注意小腹的保暖即可。
4、消化道反应：因避孕药中的孕激素和雌激素成分会对胃肠道有一定刺激作用，所以会出现吃完避孕药后小腹隐隐作痛的症状，一般还会伴有恶心、呕吐等现象，这属于药物的副作用。停止服用避孕药后一段时间，并且多注意休息，症状便会有所缓解。
二、疾病因素：
1、妇科疾病：可能是由于女性本身存在妇科疾病，比如子宫内膜炎、盆腔炎等，此时服用避孕药后，恰巧又出现妇科疾病复发，在炎症的刺激下便会出现小腹隐痛。此时建议女性到医院的妇科就诊，完善B超检查、腹腔镜检查，以明确病因，对于患有子宫内膜炎的女性，可以遵医嘱使用头孢克肟分散片、头孢呋辛酯颗粒等头孢类药物，这类药物可以影响细菌的细胞壁合成，从而起到抗菌作用。对于患有盆腔炎的女性来讲，可以遵医嘱使用盐酸左氧氟沙星片、氧氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，这类药物可以抑制细菌DNA的复制，从而起到抗菌作用。
2、胃肠道疾病：如果本身存在慢性胃炎、胃溃疡，在服用避孕药以后，因避孕药有一定的刺激性，所以会刺激胃肠黏膜，引起胃肠道痉挛，出现腹痛症状。建议女性及时到消化内科就诊，完善血常规、粪便常规、胃镜等检查，患有慢性胃炎的女性可以在医生指导下使用兰索拉唑肠溶片、奥美拉唑钠肠溶片等药物治疗，上述药物可以抑制酶的活性，阻断胃酸分泌。患有胃溃疡的女性可以遵医嘱使用枸橼酸铋钾胶囊、硫糖铝咀嚼片治疗，上述药物可以在胃黏膜表面形成薄膜，减少胃酸对胃黏膜的刺激，从而起到保护胃黏膜的作用。
因避孕药具有抑制排卵、减少雌激素分泌的作用，因此不建议女性经常使用避孕药，如果没有怀孕的打算，可以在性生活过程中通过使用避孕套的方式避孕，减少避孕药对身体的损伤。