遗精后尿道痛，几个小时后自愈，一般是正常现象，不需要过于担心，但如果疼痛比较剧烈，可能是本身患有尿道炎、包皮龟头炎等疾病，由于精液分泌物的刺激会加重疼痛，随后疼痛逐渐减轻或消失。
1、正常现象：遗精多数是正常的生理现象，是因为精液聚集到一定程度后，当无法存储时会排出体外。尿道口的黏膜比较娇嫩，精液量比较多时，可能会对局部造成刺激出现疼痛。
如果疼痛比较轻微，多数可较快改善，不需要过于担心。平时应注意局部卫生，遗精后需要及时清洗局部，以免引起细菌感染。
2、尿道炎：主要是与淋球菌或支原体等病原体感染有关，由于炎症对局部的刺激，常会引起局部红肿、疼痛，尤其是尿液、精液刺激时疼痛比较明显。
明确具体的病情后，需要遵医嘱使用药物治疗，常见药物有盐酸左氧氟沙星片、盐酸环丙沙星片等。
3、包皮龟头炎：病因比较复杂，可能是频繁摩擦、外伤、感染等因素有关，可导致包皮龟头部位出现炎症反应，常会出现局部红肿、糜烂、疼痛等不适。
应保持局部清洁，避免对局部的刺激，细菌感染引起时，需要在医生指导 下进行局部治疗，如红霉素软膏、夫西地酸乳膏等。
除此以外，还可能是与前列腺炎、肾盂肾炎等疾病有关，当疼痛反复出现时，建议及时到医院男科等科室就诊，明确具体的原因后，再予以针对性处理。