朱砂不溶于水，临床一般使用水飞法入药。但由于这种药物具有一定的毒性，所以患者如需服用朱砂，应严格遵医嘱进行，以免导致中毒。
朱砂是一种临床常用的中药，又称丹砂，是一种天然的赤色矿石，味甘，性微寒，有毒，归心经，具有安神定惊的功效，同时还有一定的明目、解毒作用。这种药物在临床主要用于治疗惊厥、癫痫、心悸、失眠多梦、视物昏花等，同时对于疮疡肿毒、疥疮、咽喉肿痛等病症，也有一定的改善作用。由于该药不溶于水，用药时需要将朱砂与水反复研制呈细腻粉末，既可以防止粉末飞扬，也可以防止在研制的过程中药性发生变化。经水飞法后，可以直接与当归、炙甘草等中成药物配伍服用，也可以制成药丸后单独吞服。
朱砂中含有一定的化学物质硫化汞，有一定的毒性，患者应避免过量服用或是长期内服，否则可能导致汞中毒，出现头痛、头晕、恶心呕吐、腹泻、失眠、惊厥等不适，而肾功能不全的患者应谨慎服用。此外，炮制该药时不宜火煅，否则可能会有水银析出，容易导致中毒。