由于特比萘芬制剂、伊曲康唑制剂的适应证以及患者的个人体质等方面不同，因此无法比较哪个副作用大。应由医生综合自身病情，选择合适的抗真菌类药物改善症状。
特比萘芬制剂为烯丙胺类药，出现体癣、股癣、头癣等真菌感染性疾病的患者，能遵照医生建议应用特比萘芬制剂治疗。部分患者在使用特比萘芬制剂后，可能会出现食欲减退、恶心、拉肚子、腹胀、皮疹等现象，极少数患者会发生中毒性表皮坏死松解症、重型多形性红斑等情况。
伊曲康唑制剂属于三氮唑衍生物，也有抗真菌功效，能减轻外阴阴道假丝酵母菌病、花斑癣、甲真菌病等疾病。应用伊曲康唑制剂后，患者会伴随厌食、便秘、经期紊乱、头晕等异常现象，有个别患者会诱发外周神经病变。
若在应用特比萘芬制剂、伊曲康唑制剂后，自身不适症状较为明显，则应马上到皮肤科就诊，配合医生减少药物剂量或更换其他抗真菌类药物进行针对性处理。患病后应维持病变处皮肤清洁、卫生，少吃油腻、辛辣的食品，并按时休息，进而利于皮肤好转。
应明确对药物内的成分过敏时，需避免使用，以防继发皮肤红斑、丘疹等过敏症状。处于孕期的女性应慎用，以防损害胎儿健康。