接吻可能会影响肠道菌群，但是并不会完全交换肠道菌群。交换肠道菌群主要与生活习惯、饮食改变等因素有关，与接吻的关系不大。
接吻可能会影响双方的肠道菌群，但是影响程度相对较小，并不会引起肠道内菌群发生完全交换。肠道菌群发生改变，主要与生活环境、饮食习惯等改变有关。当两人生活在一起时，生活环境、饮食习惯逐渐趋于一致，此时两人体内的肠道菌群也基本一致，接吻对两人肠道菌群的影响相对较小。
需要注意的是，幽门螺杆菌等致病菌均可能通过接吻等方式传染，如果一方存在幽门螺杆菌感染，则另一方也需要到医院进行幽门螺杆菌检测，必要时遵医嘱使用相应的药物治疗，如质子泵抑制剂、抗生素、黏膜保护剂等，避免发生胃炎、胃溃疡等消化系统疾病。