肚子两侧隐隐作痛可能由于胃肠功能紊乱、慢性胃炎、结肠肿瘤、肠炎、肌肉损伤、肾结石等导致。患者需要采取相应的治疗，以免加重病情。
1、胃肠功能紊乱：生活饮食不规律、情绪波动、睡眠不佳都会造成胃肠功能紊乱，出现肚子两侧会隐隐作痛的症状。主要是由于消化道的神经功能紊乱，引起胃肠蠕动不畅，同时还会有阵发性的腹痛，建议去医院消化内科就诊，通过粪便常规、钡剂灌肠造影等检查，明确原因，患者可在医生的指导下服用马来酸曲美布汀片等药物进行治疗。
2、慢性胃炎：一般是幽门螺杆菌感染、药物刺激、自身免疫异常等，导致胃部的胃酸分泌增多，会对胃壁造成刺激，使黏膜充血、肿胀，甚至糜烂，进食后出现腹部两侧疼痛、恶心、呕吐等症状。建议去医院消化内科就诊，通过胃镜检查等，明确原因，患者可在医生的建议下服用奥美拉唑肠溶胶囊、盐酸雷尼替丁胶囊等药物进行缓解。
3、结肠肿瘤：由于肿瘤长得比较大造成肠管的堵塞，还会刺激周围组织，就会导致肚子两侧隐痛并伴有大便的性状改变，同时有便血等现象，还会伴有体重明显下降、消瘦、纳差等症状。建议去医院消化内科就诊，通过粪便隐血、结肠镜等检查，明确原因，然后在医生的建议下，使用氟尿嘧啶注射液等药物治疗，还可进行手术切除治疗。
4、肠炎：一般是细菌、病毒、真菌等感染肠道，导致肠道出现炎症，炎症因子刺激肠道，导致出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状，建议去医院消化内科就诊，通过血常规、粪便常规等明确原因，然后在医生指导下使用硫酸庆大霉素注射液等药物治疗。
5、肌肉损伤：如果过度运动，或受到外伤，导致肌肉出现持续紧张的状态，可引起腹壁肌肉隐痛，建议去医院骨科就诊，通过X线检查等检查，明确原因，在医生指导下进行针灸、超短波等方法缓解疼痛。
6、其他情况：除上述因素外，如果存在肾结石、痛经、异位妊娠、盆腔炎、前列腺增生、前列腺结石、肾结石、输尿管结石、慢性胆囊炎，胃溃疡、慢性肠梗阻、腹股沟斜疝、股疝、阑尾炎、功能性消化不良、肠道痉挛、肠道胀气、肠道菌群失调等情况，均可导致肚子两侧隐隐作痛，需要根据具体情况进行针对性处理。
由于导致肚子两侧隐隐作痛的原因比较多，建议患者及时到医院的普外科、消化内科、妇科等科室就诊，完善血常规、CT、B超等检查。