孕囊不规则保胎后可能还是会出现畸形的情况，但也可能不会出现畸形。建议孕妇在孕期遵医嘱按时进行产前检查，明确胎儿的情况。若发现存在胎儿畸形的情况，需要在专业医生指导下给予正确处理。
1、可能会畸形的情况：孕囊不规则可能是先兆流产引起的，孕妇会出现阴道流血以及腹痛等症状，可能是胎儿染色体异常或孕妇内分泌异常等因素引起的。此时需要积极进行保胎治疗，包括保证绝对卧床休息，并遵医嘱给予黄体酮胶囊药物治疗等。保胎过程中可能会对胎儿生长发育造成一定影响，也可能会出现发育畸形的情况，此种情况下进行产前检查一般可以明确。
2、一般不会畸形的情况：孕妇怀孕后受精卵会着床在子宫腔内，逐渐生长发育为孕囊。怀孕早期由于存在细胞分裂，所以可能会出现孕囊不规则的情况，但进行其他检查并无异常改变，属于正常现象。随着怀孕时间延长，孕囊也会逐渐变规则，此时由于胎儿发育良好，所以一般不会出现畸形的情况。
因此对于孕囊不规则的情况，孕妇应避免过于紧张、焦虑，应积极到医院产科就诊，同时进行B超以及孕酮检查等，明确诊断。