法莫替丁和奥美拉唑的区别在于药物种类不同、药物成分不同、药物的作用机制不同、药物的作用和功效不同、药物的副作用不同等，但二者都是处方药，需要在医生指导下用药。
1、药物种类不同：法莫替丁属于H2受体拮抗剂，奥美拉唑属于质子泵抑制剂，是两种不同种类的药物。
2、药物成分不同：法莫替丁常用制剂包括片剂、冲剂、胶囊剂等，主要含有成分为法莫替丁。奥美拉唑常用的制剂包括胶囊剂、片剂、注射剂等，主要成分为奥美拉唑。
3、药物的作用机制不同：法莫替丁主要是抵抗H2受体，从而抑制胃酸分泌，也可抑制胃蛋白酶的分泌。奥美拉唑主要能够抑制H-K-ATP酶，有较强的抑制胃酸分泌的作用，奥美拉唑比法莫替丁的抑酸作用更强。
4、药物的作用和功效不同：法莫替丁能够用于缓解胃酸过多所致的胃痛、胃灼热感、反酸等。奥美拉唑主要用于治疗胃以及十二指肠溃疡、反流性食管炎、上消化道出血、卓-艾综合证等疾病，还可与两种抗生素和铋剂联合使用，如联合应用阿莫西林胶囊、阿奇霉素片、枸橼酸铋钾胶囊等，能够用于幽门螺杆菌的根除。
5、药物的副作用不同：部分患者使用法莫替丁后会出现口干、头晕、失眠、便秘、腹泻等副作用，部分患者使用奥美拉唑之后，可出现有恶心、呕吐、头晕、腹痛、腹泻、头痛、抑郁、视物模糊等副作用。
患者在用药期间如果出现药物副作用且持续不得缓解，应及时停药，可以去普通内科、消化内科做血常规等检查，明确自身情况，在用药期间注意清淡饮食，如小米粥等，避免进食辛辣、油腻的食物，如辣条、炸鸡等。