如果是进行与疫苗同类的核酸检测项目，一般注射疫苗第三针后需要间隔48小时再做核酸，如果是做其他核酸检测项目，可以在打完疫苗第三针后直接做核酸。
1、48小时后做核酸：疫苗可以起到预防相应疾病的作用，核酸检测可检测体内是否出现相应的病毒感染，常用于检测新型冠状病毒、乙型肝炎病毒、人免疫缺陷病毒等。注射疫苗第三针后会导致体内出现所预防疾病的病毒核酸序列，如果是做和疫苗同类的核酸，可能会出现核酸结果为假阳性的情况，影响核酸的检查结果，比如接种新型冠状病毒疫苗第三针后立即做新型冠状病毒肺炎核酸，就有可能出现阳性的结果。48小时后体内的病毒核酸片段会被排出体外，此时做同类的核酸不会影响检查结果，所以需要等到48小时后才可以做同类核酸。
2、直接做核酸：如果打完疫苗第三针后做与疫苗不同类的核酸，体内并不会出现其他病毒的核酸序列，即使直接做核酸也不会影响检查结果，此时可以在打完第三针疫苗后直接做核酸检测，不会出现假阳性的情况。
打完疫苗第三针后需要注意休息，不可以过度劳累，并注意保持注射部位的清洁、干净，防止出现感染。如果出现注射部位疼痛、红肿等症状，需要及时到医院内科就诊，通过视诊、触诊等检查明确诊断。