二重感染又称重复感染，是长期使用广谱抗生素，使敏感菌群受到抑制，而一些不敏感菌(如真菌等)趁机生长繁殖，产生新的感染现象。
正常人的口腔、鼻咽、肠道等处有微生物寄生，菌群间维持平衡的共生状态。在感染采用广谱或联合抗菌药物治疗过程中，敏感菌受到抑制，但耐药的细菌如金黄色葡萄球菌、念珠菌、难辨梭状芽胞杆菌等大量繁殖，加之患者抵抗力下降，使得条件致病菌引发新的感染。
二重感染一般出现于用药3周内，多见于长期使用抗生素者，婴儿、老年人，有严重疾病者，施行大手术，长期住院，以及合并使用激素、抗代谢或抗肿瘤药物者。如果出现二重感染，需要遵医嘱停用广谱抗生素，根据药敏结果选择抗菌药物。另外，治疗肠炎时注意支持疗法，补充丢失的水分和电解质，及时纠正低蛋白血症，抢救中毒性休克，以提高机体抵抗力。肠道二重感染者可试用乳酸杆菌等制剂调节肠道菌群。