莫匹罗星软膏和红霉素软膏的治疗范围、抗菌谱、组织渗透性、价格等都有所区别，所以不能够判断好坏，患者需要在医生指导下针对性应用药物治疗疾病，从而达到更好疗效。
1、治疗范围：莫匹罗星软膏可以用于治疗革兰阳性球菌引起的皮肤感染、湿疹、浅表性创伤等，红霉素软膏可以用于治疗化脓性皮肤病，以及小面积烧伤、溃疡面感染等。
2、抗菌谱：抗菌谱是指药物的抗菌范围，莫匹罗星软膏对于革兰阳性菌有较强的抗菌作用，抗菌谱广于红霉素软膏，但红霉素软膏除对部分革兰阳性菌有抗感染效果外，对少数革兰氏阴性菌以及衣原体、支原体等也有抗菌活性。
3、组织渗透性：莫匹罗星软膏的组织渗透性比较好，能够渗透到皮下组织深度部位，而红霉素软膏质地比较厚重，所以相对来讲组织渗透性较差，只适用于治疗较浅部位的皮肤疾病。
4、价格：因药物有效成分不同，治疗范围不同，莫匹罗星的价格比红霉素软膏的价格相对要高，但并无好坏之分。
5、不良反应：莫匹罗星软膏使用不当可能会出现烧灼感、刺痛、瘙痒或皮肤过敏症状，如皮疹、红斑等。红霉素软膏一 般仅有局部刺激反应，如皮肤灼烧感、红肿等。
两种药物都具有一定优缺点，治疗的疾病也有一定区别，所以并不能判断哪个好，患者需要结合自身情况，在医生指导下选择合适的药物。