蹲厕所时小腿疼可能与过度劳累、血管受压等非疾病因素有关，也可能与软组织损伤、腰椎间盘突出症、骨膜炎、下肢静脉曲张等疾病因素有关，需及时进行治疗。
一、非疾病因素：
1、过度劳累：如果长时间蹲着，可能会导致局部肌肉劳累，从而产生乳酸，此时可能会在腿部堆积过量乳酸，乳酸对周围组织产生刺激就可能会出现疼痛的情况，适当休息或进行热敷后可逐渐好转。
2、血管受压：如果长时间蹲着，可能会导致小腿局部血管受压，从而导致局部血液不流畅，就可能会出现局部疼痛、麻木等症状，此时适当活动腿部，适当按摩即可缓解。
二、疾病因素：
1、软组织损伤：如果蹲的时间过长或之前小腿受到外伤，就可能会导致局部的肌肉、韧带拉伤，会出现局部疼痛的症状，还可伴有局部淤血等症状，可以通过冰敷以及热敷等方法缓解，疼痛严重者可遵医嘱使用布洛芬片等药物治疗。
2、腰椎间盘突出症：可能与过度劳累、姿势不佳、外伤、椎间盘退变等原因有关，可导致腰椎间盘突出压迫周围神经、血管，长时间处于蹲位，血液循环不畅，从而会出现上述不适症状，还可能伴有腰背疼痛、麻木、活动受限等症状，此时可遵医嘱使用甲钴胺片、谷维素片等营养神经药物治疗。
3、骨膜炎：可能与局部损伤、炎症感染、运动过度、自身免疫系统紊乱等原因有关，患者患病后由于炎症因子刺激可导致小腿部出现疼痛、肿胀等症状，蹲厕所时局部受到较强压力，也会有上述情况发生，并可在剧烈运动后加重疼痛，还可伴有水肿等症状，此时可遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等非甾体消炎药进行止痛治疗。
4、下肢静脉曲张：可能与静脉瓣膜结构异常、长期站立、下肢活动少等原因有关，患病后可能会导致下肢静脉曲张，还可伴有胀痛、乏力、水肿、肌肉痉挛等症状，蹲厕所时局部承受的压力过大，会加重不适症状，此时可使用弹力袜或加压绷带进行治疗，还可进行手术治疗，如静脉高位结扎等。
如果疼痛剧烈或持续时间过长，可及时到医院骨科就诊，完善体格检查、X线检查等，明确诊断。日常生活中还应注意避免剧烈运动，避免长时间下蹲，适当休息，运动前需热身，饮食清淡好消化，避免进食辛辣刺激油腻的食物等。